UNICEFs hjerte er ute i felten, der vi har 126 landkontorer, noen med ansvar for flere land. Hvert landkontor setter UNICEFs mål for verdens barn ut i praksis gjennom et unikt samarbeid med barna selv, deres familier, lokalsamfunn, landets myndigheter, andre organisasjoner og de som bidrar med penger. Arbeidet struktureres gjennom femårsplaner, utarbeidet sammen med landets myndigheter. Les mer om landkontorene (engelsk tekst).
UNICEFs hovedkontor ligger i New York, og andre sentrale kontorer er plassert i Genève og Tokyo. Disse kontorene fungerer som styrets forlengede arm; utvikler og formidler retningslinjer, overfører penger til de som utfører UNICEFs arbeid, formidler informasjon og er UNICEFs bindeledd til giverlandenes myndigheter og til de nasjonale komiteene.
Anthony Lake er UNICEFs sjette toppsjef og ble utnevnt i mars 2010. UNICEFs toppsjef blir utnevnt for fem år av gangen av FNs generalforsamling i samråd med UNICEFs styre.
UNICEF ledes av et styre som består av delegater fra 36 forskjellige land. Styret gir retningslinjer for organisasjonens politikk og prosjekter, og godkjenner budsjettet. Styrets myndighet blir gitt av FNs generalforsamling, og delegatene blir valgt for tre år av gangen.
UNICEFs hovedlager ligger i København, og herfra henter organisasjonen det som utstyret som trengs for å gjøre arbeidet i felten. Lageret er på størrelse med tre fotballbaner og gir plass til en stor mengde UNICEF-materiell, f.eks. medisiner, vaksiner, myggnett, skolemateriell og nødhjelpsforsyninger. Les mer om UNICEF-materiell (engelsk tekst).
UNICEFs forskningssenter (Innocenti Research Centre i Italia) ble etablert i 1988 for å styrke forskningskapasiteten til UNICEF og forsterke vår stemme som talsmann for barn over hele verden.
De nasjonale komiteene er støttekomiteer for UNICEF og har som formål å samle inn penger til og drive informasjonsvirksomhet om UNICEFs arbeid for barn i verden. UNICEF Norge er en av 36 nasjonale komiteer.